Wraz z decyzją o pobraniu zaliczki bądź całkowitej kwoty należności sprzedawca ma obowiązek wystawić fakturę VAT, której zadaniem staje się udokumentowanie przekazania i odebrania danej sumy oraz jest równocześnie podstawą do jej rozliczenia w terminie do siedmiu dni od momentu otrzymania pieniędzy. Ostateczne rozliczenie opiewające na pełną należność musi być zrobione z uwzględnieniem zarówno faktury zaliczkowej, jak i odprowadzonego od niej podatku o czym przeczytać można w programie do faktur.

Każda faktura zaliczkowa końcowa jest dokumentem zarówno urzędowym, jak i księgowym, w związku z czym musi zostać zatrzymana w ewidencji, a jej treść wpisana do księgi przychodów i rozchodów. Należy pamiętać, że nie jest to faktura pro forma, od której nie pobierane są żadne opłaty, i która pełni rolę wyłącznie informacyjną. Rozliczając wartość usługi bądź towaru na końcowym etapie wyróżnia się dwa sposoby postępowania. Pierwszy z nich stosowany jest w sytuacjach, w których faktura zaliczkowa obejmuje wyłącznie część całej kwoty, czyli nie stanowi jej pełnej wartości brutto, drugi zaś realizowany jest wtedy, kiedy druk zaliczki faktury opiewał na całą kwotę zamówienia. W przypadku pierwszej sytuacji należy wystawić fakturę zaliczkową, nazywaną końcową, której treść zawiera pozostałą kwotę do zapłacenia po odjęciu wartości wszystkich poprzednich wpłat zrealizowanych przez nabywającego.

W momencie, w którym została wpłacona cała suma na podstawie faktury zaliczkowej po zakończeniu transakcji, to znaczy wydaniu towaru lub wykonaniu całkowicie usługi sprzedawca nie musi wystawiać faktury zaliczkowej końcowej.